秋田县立大学设有系统科学技术学部，包括机械智能系统学科、电子情报系统学科、建筑环境系统学科、经营系统工学科、生物资源科学部包括应用生物科学科、生物生产科学科、生物环境科学科、农业关联商务学科，大学院设有系统科学技术研究科包括博士前期课程：机械智能系统学专攻、电子情报系统学专攻、建筑环境系统学专攻、经营系统工学专攻、博士后期课程：综合系统科学专攻、生物资源科学研究科包括博士前期课程：生物机能科学专攻、遗传资源科学专攻、博士后期课程：生物机能科学专攻、遗传资源科学专攻。 大学附属机构包括木材高度加工研究所、综合科学教育研究中心、地域共同研究中心、图书和情报中心、就职信息中心等。