2008年，东京艺术大学率先在研究生部设立了动漫专业，学校希望能通过实践训练，培养一批有代表性的日本动漫人才。作为国立大学，相比其他学校，东京艺术人学最明显的优势是学费低，不过竞争很激烈。

另外值得一提的是日本京都精华大学。这是日本第一个开设动漫研究系的学校。校方对动画和漫画方向进行了细致的划分，如将漫画学科细分为搞笑漫画、人物造型设计、情景漫画、漫画策划等专业，不少任课老师出自日本没画杂志或知名动画工作室，有很强的实战经验。该校又称精华大或精大，坐落在风景优美的京都左京区内，成立快50年来，一直以传播优质艺术教育出名，很多日本漫画从业者以能进入该校进修或学习为荣。

目前该校动漫研究系每年会招收20名硕上研究生，毕业要求是能独立制作出一幅完整的没画故事作品，或是完成一篇毕业论文，学生每年的学费加生活费大概在人民币10万元左右。

此外，武藏野美术大学、多摩美术大学、宝塚大学、东京工科大学、别府大学、大阪艺术大学等，也是日本培养动漫人才的知名院校。其中较有特色的是东京工科大学，该校的动漫专业开设时间较长，而且重在对学生数码媒体技能的培养，结合学校悠久的工科背景，培养了很多动画领域人才。